Senare samma år träffade Billy Josh Freese, trummis i Devo som spelade tillsammans med Tool på Lollapalooza. De båda började tillsammans arbeta med det kraftigt försenade Guns ’n’ Roses-albumet "Chinese Democracy" tillsammans med bland andra Robin Finck (ex- Nine Inch Nails), och det hela slutade med att Josh 1999 ersatte Tim som bandets trummis. Danny återvände till Nine Inch Nails för att spela in mästerverket "The Fragile" och ersattes av ytterligare en av Tools gitarrtekniker, Troy Van Leeuwen (Failure). Tillsammans med basisten Paz Lenchantin gick den nya uppsättningen bandmedlemmar in i studion för att spela in den bejublade debuten "Mer